균류의 본체는 효모균이나 그 밖의 소수의 종류를 제외하면 몸이 균사로 구성되어 있고 포자를 형성하여 번식한다. 포자가 발아하면 균사가 된다.

균사(hypha)는 가늘고 긴 세포가 길게 일렬로 연결되는 사상체(絲狀體)이며 굵기는 일반적으로 5~l0 m로 거의 초육안적(超肉眼的)이고 섬세하다. 균사는 여러 갈래로 가지치기를 하며 계속 신장하므로 전형적으로 발육한 균사는 부채 모양 또는 방사상(放射狀)으로 넓어진다. 이와 같은 균사의 집합체를 균사체(mycelum)라고 한다. 균사의 격막은 자낭균류에서는 단순하나 담자균류에서는 꺾쇠연결을 만드는 것이 많다. 균사조직(plectenchyma)에서 균사는 균류의 영양기관이며, 여러 가지 유기물의 표면 또는 내부를 종횡으로 누비고 양분을 흡수한다.

균사조직은 섬유균사조직과 위유조직(僞柔組織)으로 대별된다. 전자는 긴밀하게 결합되어도 하나하나의 균사는 원형을 거의 상실하지 않는 것으로 예를 들면 버섯의 조직이 여기에 해당한다. 후자는 세포가 굵고 짧게 되며 서로 유착되고 고등식물의 유조직과 흡사한 구조이다. 이것은 자낭균의 자실체, 예를 들면 자낭각이라든지 균핵 등에서 많이 볼 수 있다.

균핵(sclerotium)은 균사의 딱딱한 덩어리로 한열(寒熱)이나 건조 등의 나쁜 환경에 대한 저항이 강하고, 균류가 형성하는 일종의 내구체이다. 작은 것은 지름 1~2 mm에서 큰 것은 지름 20~30 cm인 것도 있다. 자낭균의 맥각균 ·균핵병균 등은 잘 알려져 있다. 균핵에는 양분도 저장되며 여기에서 자실체를 내는 것이 많다. 균류의 번식은 포자(spore)에 의해서 이루어지는데 포자에는 무성포자와 유성포자가 있다.

균류의 생활사는 무성번식시대가 길며, 그 사이에 반복하여 무성포자를 형성 하므로 무성포자의 형성은 균류 번식의 유력한 수단이 되고 있다. 무성포자는 내생적으로 형성되는 것과 외생적으로 형성되는 것이 있다. 내생적 무성포자는 조균류에 많으며 포자낭이라는 대형의 낭상세포 내의 원형질이 세분(細分)하여 다수의 포자가 된다. 이 포자에는 편모가 있어 수중을 운동하는 유주자와 운동성이 없는 포자가 있다. 외생적 무성포자는 일반적으로 분생포자라 하며 자낭균류에서 많이 볼 수 있지만 담자균류에서도 볼 수 있다. 포자는 물론 현미경적인 것으로, 형태는 여러 가지이며 빛깔은 무색 및 황갈색 ·흑색 등이고, 단세포 또는 다세포이며 표면에 혹 같은 긴 돌기가 있는 것도 있다.

유성생식은 본질적으로는 암수 양핵의 융합, 즉 수정에 의해서 행해지는 생식이지만 균류에서의 유성생식의 형식은 복잡하다. 일반적으로 조균류에서는 유성생식은 비교적 명확하고 수정의 결과 난포자
또는 접합자를 만든다. 난포자는 난균류에서 볼 수 있는 것과 같이 암수의 성별이 뚜렷한 2개의 생식세포, 예를 들어 난자와 정자 또는 조란기(造卵器)와 조정기(造精器) 사이에서 수정이 행해지는 경우에 만들어진다. 접합자는 접합균류에서 볼 수 있는 바와 같이 형태적 ·행동적으로 성별이 인정되지 않는 2 개의 배우자 사이에서 수정이 행해질 때 형성된다.

자낭균류의 유성생식은 자낭 형성시에 행해진다. 그 경과는 복잡하나 원칙적으로는 자낭 형성전에 균사의 일부에 조란기 ·조정기라고 하는 팽대한 세포가 형성되고 그 접촉에 의하여 웅핵이 자핵 쪽으로 이동된다. 잠시 2개의 핵은 합체되지 않으나 자낭 형성시에 처음으로 합체되어 수정을 끝내 2n이 된다. 계속하여 감수분열을 포함한 핵분열이 3회 행해지고 8개의 n핵이 되어 자낭 내에는 8개의 자낭포자가 형성된다.

담자균류에서는 핵의 융합은 자실체의 담자기 내에서 행해지며 합체 후 곧 감수분열을 하여 4개의 n핵을 만든다. 담자균류에서는 담자기 위에 4개의 담자포자를 외생적으로 만드나 4개의 n핵은 각각의 포자에 들어간다. 담자포자는 발아하여 균사가 되고 화합성이 있는 n핵 균사 간에 유착현상이 일어나 그 결과 균사는 복상(複相:2n)이 되지만 핵의 융합은 다음의 자실체 형성기까지 보류된다. 그사이 균사 내에는 2개의 n핵이 같이 있게 된다.

자실체(子實體:fruitbody)는 자낭균류 ·담자균류 등에서는 포자가 형성될 때 균사가 집합하여 긴밀한 조직을 만들고, 종(種)이나 속(屬)에 따라 고유한 형태의 자실체를 만드는 것이 많다. 이것의 대형이 버섯이다. 자실체에는 자낭 ·담자기 등이 다수 늘어서 있는 층이 형성되는데, 그 층을 자실층(hymenium)이라고 한다. 자실층은 자실체의 표면에 나생(裸生)하는  나실성(裸實性)과 자실체의 조직 내에 형성되는 피실성(被實性)으로 나누어진다.

자낭균류의 자실체는 일반적으로 소형이고, 나실성인 자낭반(子囊盤:裸子器)과 피실성인 자낭각(子囊殼:被子器)으로 나누어진다. 자낭반은 접시형이나 보시기형 등으로, 그 내면에 자실층이 발달하였으며, 자낭각은 작은 구형 ·왜술병형을 하고 있으며 그 내면에 자실층이 만들어진다. 담자균류의 자실체는 대개 대형이며 버섯이라고 한다. 자실체는 형태가 복잡하고 분류의 중요한 기준이 된다.