진균류 중의 한 군으로 조류(藻類)와 비슷한 성질을 가지고 있다고 생각되어 이런 이름이 붙었다.

예전에는 조균강으로 분류되어, 그 특징으로서 격벽(隔壁)이 없는 균사, 부정수의 포자(胞子)를 가지는 포자낭, 후벽(厚壁)의 접합자(接合子) 등을 들었다. 이것은 생식세포의 편모의 유무에 따라, 편모가 없는 접합균류와 편모가 있는 난균류(卵菌類)로 나뉘었다. 그 후, 다시 모상균류(毛狀菌類) ·접합균류(接合菌類) ·일모류(一毛類) ·이모류로 분류되기도 하고, 이모류는 별도로 하기도 하였다.

그러나 현재는 조류의 색소가 퇴화해서 균류가 되었다고 하는 조균류 설정의 한 근거인 조류기원설은 부정되고, 조균류라고 하는 균류는 인정되지 않고 있다. 따라서, 트리코미케스류(모상균류)는 접합균류에 포함되고, 그 밖의 것은 편모의 특징에 따라서 병곰팡이류 ·난균류 등으로 나뉘고 플라스모디오포랄레스류는 변형균류에 포함되게 되었다. 한편, 이들 균류는 독립해서 진화된 것으로 보고 계통분류학상, 각기 균계(菌界) 중에서 문(門)에 위치한다.