농작물 생육에 유리하게 작용하는 토양미생물을 순수배양하여 종자에 혼합한 후 파종하거나, 직접 토양에 접종함으로써 비료와 같은 효과가 나타나도록 하는 제품

세균비료(Bacterial fertilizer)라고도 한다. 농작물 생육을 직접적으로 도와주는 비료성분은 없으며 공중질소를 고정하여 농작물이 이용케 하는 등의 간접적인 방법으로 작물생육을 증진시킨다. 콩과(科) 식물의 뿌리에 공생하면서 공중질소를 고정하여 식물이 이용케하는 뿌리혹박테리아와 토양세균 단독으로 질소를 고정하는 아조토박터(Azotobacter)가 미생물비료로 이용해 온 대표적인 세균이다.

이들을 배양하여 접종균으로 상품화한 것에는 Nitragin, Azotogen 등이 있다. 콩과 식물에 공생하는 뿌리혹박테리아는 그 숙주범위가 제한되어 있으므로 재배할 농작물의 종류에 따라 친화성이 있는 균을 이용해야 하며 동일한 종류의 뿌리혹박테리아 중에서도 계통에 따라서 그리고 동일한 농작물의 품종에 따라서도 뿌리혹 형성 능력 및 질소 고정 능력에 차이가 있으므로 상품화된 접종균을 이용할 때는 이 점을 고려해야 한다. 또 유리질소 고정능력을 가진 azolla(藍藻類의 일종)가 벼 재배에서 효과를 보았다고 하며, 이 밖에도 토양 중 질소 또는 인산의 비료 효과를 증진시키는 세균이나 토양미생물의 영양원을 혼합 사용하여 농작물의 생육을 증진시킨 경우도 있다.