미생물제제에 표시되어 있는 대부분의 내용은 애매하고 제품에 따라 표기 방법이 다르지만, 표시된 미생물제제 효과는 유기물분해촉진, 연작장해억제, 토양의 이화학성 개선, 토양미생물성개선, 작물의 생산성 향상, 작물의 품질향상, 오염물질 정화 등이다. 미생물 중에는 균근균(vesicular arbuscular Mycorrhizae)이나 뿌리 혹박테리아(Rhizobium)처럼 기능이 명확한 것도 있지만, 대부분의 미생물제제는 효과를 명시하지 않고 유용미생물이라는 포괄적인 말을 사용하는 경우가 많다.

이 유용미생물이란 말은 이용자 측면에서는 매력적인 표현이고 생산자 측면에서는 만능적인 용어이지만 과학적인 방법으로 입증되지 않은 기작을 애매모호하게 나타내는 것이므로 미생물제제 효과 표현방법으로는 적합하지 않다. 그러므로 미생물제제도 다른 종류의 제제 처럼 그 효과 및 평가방법을 정확히 규정하며 접근하여야 할 것 이다. 그렇다면 미생물제제가 갖추어야 할 조건은 무엇이고 미생물제제를 평가하는 방법은 어떻게 해야하는가 하는 문제가 제기된다.  

미생물제제를 올바르게 활용하기 위해서, 소비자는 사용용도가 무엇 이며 용도에 적합한 제제가 무엇인지를 과학적인 입장에서 이해하고 평가하는 절차를 반드시 거쳐야 한다. 이와 같은 절차는 생산과 소비에 있어서 제품의 균일성과 효과의 재현성을 보장할 수 있게 되므로, 미생물제제 생산자나 소비자 모두의 권리이며 의무가 되는 것이다. 또한 미생물제제란 완성품인 일반 제품과는 달리 소비되는 순간까지 생명력이 유지되어 살아있는 기능을 발휘하여야 하는 진행성 제품이므로 생산과 소비 등 모든 면에 새로운 각도로 접근하여야 한다. 즉 생산자는 생산으로써 끝나는 것이 아니라 소비에 이르기까지 살아있는 기능을 유지 하게 하여야 하며 소비자는 생산에서부터 파생될 수 있는 문제점을 사전에 인지하여 생명력이 있는 제품을 공급받을 수 있게 항상 주지 하고 있어야 한다. 또한 생산자와 소비자는 미생물제제를 이용한다는 단순한 입장에서 벗어나, 자연환경을 구성하는 일원으로서 사용 후에  발생될 수 있는 생태계 변이에 대한 적극적인 이해와 관심을 가져야 한다.