미생물제제란 토양 등에 시용하는 경우 표시된 특정 함유 유용미생 물의 활성에 의해 용도에 기재된 효과를 가지며 최종적으로 식물재배에 도움이 되는 효과를 나타내는 제제라고 할 수 있다. 미생물제제는 살아있는 미생물과 경우에 따라서는 접종균을 흡착한 담체(carrier), 접종균 활성화를 위한 유기영양원, 그 외의 보조제로 구성 되어 있지만, 효과를 가지는 주된 성분은 제제 원료에 표시된 미생물 즉 원료에 들어있는 미생물의 기능에 의한다는 것이다.