토양 속, 수중, 생물의 몸속 등, 효모균류는 생태적으로 여러 분포를 보인다. 토양의 시료에 대하여 그 속에 존재하는 미생물을 분리한 연구에 의하면 매우 흔하게 효모균류가 발견된다. 그러나 토양 중에는 거꾸로 효모균류의 발육을 저지하는 항생물질을 생산하는 세균 ·방선균(放線菌) ·사상균(絲狀菌) 등도 종종 발견되므로 그들 상호간의 생태적인 관계는 복잡하다.

수중에 분포하는 효모균류는 배수구 등에 생기는 점질물 속에서 다수 발견되고 있으며, 또 각지의 해수로부터 칸디다(Candida)를 비롯한 여러 효모균류가 발견되었다는 보고가 있다. 고등식물의 잎면에는 스포로볼로미케스 ·크립토코쿠스 · 로도토룰라(Rhodotorula) 등의 효모균이 착생하고 있다. 또 과실에 대해서는 포도의 과실의 포도효모균을 비롯하여 딸기 ·벚나무 ·자두나무 · 까치밥나무 등의 과실에 한제눌라(Hansenula) ·칸디다(Candida) · 토룰롭시스(Torulopsis) ·클로에케라(Kloeckera) 등의 효모균류가 알려졌다.

꽃꿀의 효모균류도 많으며 꽃에 따라서는 특수한 것도 볼 수 있고, 밀조효모(蜜槽酵母)라는 술어조차 있다. 또 삼림에서 나무를 자른 면에 침출하는 수액(樹液)에는 사카로미케스를 비롯하여 피키아(Pichia) ·클로에케라 ·나드소니아(Nadsonia) ·엔도미케스(Endomyces) 등 수많은 속이나 종의 효모균류가 발견되고 있다. 또 야외에서 여러 버섯류를 채집해 보면 그 위에 번식하는 효모균류를 관찰할 수 있다.

동물에서 채집되는 효모균류로는 먼저 꽃꿀 효모와 밀접한 관계가 있는 곤충과 수액이나 버섯에 모이는 곤충 등의 몸에 붙어 있는 것을 들 수 있다. 또 그 곤충들의 소화관 내나 저장한 꿀 등에도 많은 종류의 효모균이 생육하고 있는 것을 볼 수 있다. 특히 야생의 초파리 ·벌류 ·딱정벌레류에 대하여 이러한 효모균의 연구가 이루어지고 있다.

이 밖에 효모균이 몸에 묻은 딱정벌레가 수피나 목질부에 천공하면 효모균은 이들의 재(材)에서도 발견된다. 이상과 같은 곤충의 분변에 효모균류가 존재하는 것은 말할 것도 없지만 야외에 배출된 분변에도 효모균류가 적지 않게 존재하며, 특히 초식성 동물에 현저하다. 인체의 병원(病原)이 되는 효모균류로는 칸디다 ·크립토코쿠스가 있다. 전자는 혀나 식도의 점막에 붙으며, 기관지 ·장관 ·심장 ·관절 등 인체의 여러 곳의 질병의 원인이 되며 후자는 수막(髓膜) ·피부 ·폐 ·심장 ·간 ·신장 ·골수 ·림프관 등에 대하여 결핵증(結核症)과 아주 비슷한 질병을 일으킨다.